W sytuacji, gdy dysponuje się odpowiednią wiedzą oraz zapleczem technologicznym to wybór aplikacji jest jeszcze bardziej trudny przez dużą różnorodność dostępnych rozwiązań. Zaliczyć należy do nich niekomercyjne aplikacje open source, komercyjne oprogramowanie “pudełkowe”, jak Shoper lub KQS i tworzone na zamówienie i dostosowane do konkretnych oczekiwań sklepy internetowe. Wszystkie z wymienionych charakteryzuje bezproblemowy dostęp do plików i bazy danych, co stanowi ważną zaletę, jakiej pozbawione są rozwiązania hostowane. Dodatkowo posiadając akces do niezaszyfrowanego źródła aplikacji sklepu internetowego można go dowolnie udoskonalać i wzbogacać o dodatkowe funkcje, jeżeli licencja aplikacji na to zezwala.
W trakcie selekcji oprogramowania sklepu internetowego dość ważna jest jego cena. Sporą grupę aplikacji sklepów internetowych stanowi software open source. W sytuacji konkretnie ograniczonego budżetu to najchętniej wybierane rozwiązanie. Należy pamiętać o tym, że brak płatności za oprogramowanie nie oznacza, iż wdrożenie całego sklepu online jest pozbawione wydatków. Może się okazać, co często się zdarza, iż instalacja i modyfikacja sklepu internetowego na aplikacji open source jest niejednokrotnie droższe niż komercyjne rozwiązanie “pudełkowe”. Z drugiej strony opłata za oprogramowanie wcale nie zapewnia lepszych możliwości oraz efektywniejszego funkcjonowania.
Wśród oprogramowania dostępnego za darmo w obecnej chwili uwagę powinno się skupić na PrestaShop, OpenCart i Magento. Całkiem możliwe, iż już wkrótce darmowe oprogramowanie sklepu internetowego Gekosale skusi przedsiębiorców chcących prowadzić handel w Internecie. Lepiej jednak nie rozprawiać o przyszłości Gekosale, gdyż system ten jest dość świeży, wciąż kreowany oraz nadal średnio znany.